如何只擴(kuò)增突變的ctDNA,實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的分子診斷?
精準(zhǔn)醫(yī)療(Precision Medicine)是以個(gè)體化醫(yī)療為基礎(chǔ)、隨著基因組測(cè)序技術(shù)快速進(jìn)步以及生物信息與大數(shù)據(jù)科學(xué)的交叉應(yīng)用而發(fā)展起來(lái)的新型醫(yī)學(xué)概念與醫(yī)療模式。精準(zhǔn)醫(yī)療需要精準(zhǔn)診斷,精準(zhǔn)診斷的最大板塊是分子診斷,分子診斷對(duì)病理樣本的高要求以及靈敏度的高要求給精準(zhǔn)診斷帶來(lái)了挑戰(zhàn)。那么如何實(shí)現(xiàn)分子診斷的精準(zhǔn)呢?2015年7月16日在上海舉辦的第二屆中國(guó)IVD產(chǎn)業(yè)投資于并購(gòu)CEO論壇上DiaCarta公司總裁兼首席執(zhí)行官?gòu)垚?ài)國(guó)博士對(duì)此做了精彩的演講。
精準(zhǔn)醫(yī)療需要精準(zhǔn)診斷
精準(zhǔn)醫(yī)療離不開(kāi)精準(zhǔn)診斷,精準(zhǔn)診斷起源于藥廠,首先要研發(fā)出精確治療的藥物,精確治療的藥物到了醫(yī)生手上,醫(yī)生要確定什么時(shí)間給什么病人什么治療,這之間的橋梁就是精準(zhǔn)診斷。精準(zhǔn)診斷不僅對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)療起指導(dǎo)作用,對(duì)制藥公司來(lái)說(shuō)是不可缺少的工具,因?yàn)樵谂R床上醫(yī)生對(duì)病人的分渠和對(duì)biomarker的尋找都需要精準(zhǔn)診斷的高技術(shù)平臺(tái)。
精準(zhǔn)診斷離不開(kāi)精準(zhǔn)的病理標(biāo)本
精準(zhǔn)診斷離不開(kāi)病理標(biāo)本,病理標(biāo)本與技術(shù)息息相關(guān),而標(biāo)本的攝取面臨很大的挑戰(zhàn),這些挑戰(zhàn)促進(jìn)精準(zhǔn)診斷技術(shù)的突飛猛進(jìn)。這些診斷中最大的版塊是分子診斷,分子診斷對(duì)樣本要求越來(lái)越高,對(duì)靈敏度的要求越來(lái)越高。對(duì)于一個(gè)病理樣本來(lái)說(shuō),病人進(jìn)入醫(yī)院后經(jīng)歷多重檢測(cè)后才到分子診斷,這個(gè)過(guò)程會(huì)導(dǎo)致病理樣本的不足,給診斷帶來(lái)很大的困惑。同時(shí)樣本的攝取方式也存在很大的困擾,比如肺癌樣本,不可能一味地?cái)z取肺癌組織。隨著技術(shù)的發(fā)展,目前可以選擇無(wú)痛穿刺、癌游離DNA、微孔穿刺等技術(shù)來(lái)攝取病理樣本。
精確分子診斷新紀(jì)元:循環(huán)腫瘤DNA
科學(xué)家們逐漸發(fā)現(xiàn),腫瘤有著很高的異質(zhì)性,標(biāo)準(zhǔn)程序(tissue biopsy)根本不足以判斷癌癥的預(yù)后情況。而且活檢得到的是靜態(tài)信息,無(wú)法準(zhǔn)確反映癌癥的演化。在這種情況下,循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)就成為了科學(xué)家們的新希望,它能為人們揭示更多的癌癥信息,甚至跟蹤癌癥的發(fā)展。
癌細(xì)胞在破裂和死亡時(shí),會(huì)釋放出循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)等內(nèi)容物,這種ctDNA是飄浮在血液中的基因組片段。對(duì)血液中的腫瘤DNA進(jìn)行檢測(cè)和測(cè)序,可以幫助人們通過(guò)取血得到更全面的癌癥信息,告訴醫(yī)生治療是否已經(jīng)起作用,腫瘤有沒(méi)有演化出抗性。
ctDNA在精確分子診斷上潛力巨大,但也面臨著一些問(wèn)題。如不同人的ctDNA水平差異較大,而且ctDNA并不那么容易檢測(cè),特別是在腫瘤的早期階段。另外,人們還需要在更大型的研究中進(jìn)行驗(yàn)證,看ctDNA是否給出了足夠準(zhǔn)確的信息,且最靈敏的ctDNA檢測(cè)(例如BEAMing)需要事先知道想要檢測(cè)的突變,但獲得這樣的信息又相當(dāng)麻煩。外顯子組測(cè)序不需要預(yù)先知道任何信息,但檢測(cè)罕見(jiàn)突變的需求深度測(cè)序,這樣做的成本非常高。
精準(zhǔn)診斷的大挑戰(zhàn):突變DNA的檢測(cè)受非突變DNA的干擾
腫瘤不是特一的,腫瘤組織中除了腫瘤還包含正常的組織。而腫瘤組織中既包含突變DNA又包含非突變DNA。那么怎樣排除非突變DNA的干擾?這對(duì)于精準(zhǔn)診斷來(lái)說(shuō)也是一個(gè)大的挑戰(zhàn)。在治療過(guò)程中突變DNA在治療后會(huì)很快再現(xiàn),這使精準(zhǔn)診斷在時(shí)間上有一定的難度。
分子診斷創(chuàng)新技術(shù):只擴(kuò)增突變DNA
分子診斷無(wú)疑在精準(zhǔn)醫(yī)療上起至關(guān)重要的作用。分子診斷技術(shù)從傳統(tǒng)的PCR,到現(xiàn)在數(shù)碼PCR,NGS等為精準(zhǔn)醫(yī)療帶來(lái)新的紀(jì)元。這些技術(shù)的通用特點(diǎn)是:從非突變DNA中尋找很小的突變DNA。然而靈敏度越高就需要更深的測(cè)序,這給靈敏度特異性帶來(lái)一定的局限性,那么我們?cè)撛趺崔k呢?
張愛(ài)國(guó)博士說(shuō):如何提高分子診斷的靈敏度,如何從亂叢中找針(從龐大的非突變DNA中找出突變DNA),我們需轉(zhuǎn)換思路。突變DNA很小,且還存在非突變DNA的干擾,這使得精準(zhǔn)診斷更加難。如果我們可以把非突變DNA剔除,只擴(kuò)增突變DNA,就可以從另一思維解決靈敏度問(wèn)題。
張愛(ài)國(guó)博士在此表示他們團(tuán)隊(duì)研發(fā)的“’QClamp’ Xenonucleic Acid Tech”技術(shù)可解決非突變DNA干擾的困惑,該技術(shù)利用鉗合探針把非突變DNA模板鉗合住,使其在擴(kuò)增過(guò)程不能擴(kuò)增,一旦有一個(gè)突變位點(diǎn)鉗合探針就不能雜交上,非突變模板可以正常擴(kuò)增,從另一個(gè)角度來(lái)說(shuō)就達(dá)到了只擴(kuò)增突變DNA的目的,也可以達(dá)到靈敏度特異性的要求。這個(gè)技術(shù)得到很大同行的認(rèn)可,可以在任何PCR或熒光PCR平臺(tái)上應(yīng)用。該技術(shù)可以在千分之一或萬(wàn)分之一的靈敏度上檢測(cè)到突變DNA。
目前數(shù)碼PCR處于研究階段,也遇到非突變DNA的干擾。張愛(ài)國(guó)博士表示利用鉗合探針可成功移植非突變DNA,可使數(shù)碼PCR能以萬(wàn)分之一的靈敏度擴(kuò)增出突變DNA。同時(shí)癌游離突變DNA由于量少,有時(shí)數(shù)碼PCR也未能檢測(cè)到,但通過(guò)鉗合探針可檢測(cè)出來(lái)。
- 上一篇:張辰宇“miRNA重大發(fā)現(xiàn)”后的國(guó)際研究動(dòng)態(tài) 2015/7/31
- 下一篇:NASA發(fā)現(xiàn)第二個(gè)“地球”,暫不確定是否有生命 2015/7/24